CVS signale les conflits par des « marqueurs de conflits » insérés directement dans les fichiers puis affiche un C pendant l'opération de mise à jour ou de fusion. Historiquement, ce comportement a généré beaucoup de problèmes, car CVS ne finit pas son travail. Beaucoup d'utilisateurs oublient (ou ne voient pas) le C une fois qu'il disparaît de l'écran. Ils oublient aussi souvent que les marqueurs de conflit sont toujours présents et, accidentellement, propagent des fichiers contenant ces marqueurs de conflit.

Subversion corrige ce problème de deux façons. D'abord, quand un conflit est détecté sur un fichier, Subversion enregistre le fait que le fichier est en conflit et refuse de propager des modifications concernant ce fichier tant que vous ne résolvez pas explicitement le conflit. Ensuite, Subversion 1.5 propose une résolution interactive des conflits, ce qui vous permet de résoudre les conflits au moment où ils apparaissent, plutôt que d'avoir à revenir dessus une fois que la fusion ou la mise à jour est terminée. Consultez la section intitulée « Résoudre les conflits (fusionner des modifications) » pour plus d'informations sur la résolution des conflits avec Subversion.